Quá trình ủ và khử trùng xảy ra bên trong tế bào sinh học HBC, trong đó sự hiện diện của khí oxy (khí trời) hỗ trợ quá trình phân huỷ sinh học có điều kiện thuận lợi của các chất hữu cơ có trong phân bò. Trong quá trình phân huỷ này, các chất hữu cơ sẽ được phân hủy thành các thành phần đơn giản hơn và ít có mùi hơn.
Quá trình này sinh ra một lượng lớn nhiệt, được sử dụng để đảm bảo vệ sinh cho sản phẩm và bay hơi nội dung nước. Do quá trình sinh học này có tỏa nhiệt lớn nên vật liệu sẽ được giữ ở nhiệt độ 70°C trong ít nhất 60 phút, đảm bảo sự tiệt trùng.
Tóm lại, quá trình ủ và khử trùng là quá trình phân huỷ sinh học với sự hỗ trợ của oxy trong tế bào sinh học HBC để giảm thiểu mùi hôi và giảm nước. Quá trình này cũng sinh ra nhiệt độ để đảm bảo vệ sinh sản phẩm và đạt được hiệu quả tiệt trùng.